Naturreservat er den vernekategori som har fått størst anvendelse i Østfold. Naturreservatene er områder som har urørt eller tilnærmet urørt natur eller utgjør en spesiell naturtype. Det kan også være områder som har særskilt vitenskapelig eller pedagogisk betydning, eller som skiller seg ut ved sin egenart. 

I et naturreservat er vanligvis alle former for inngrep forbudt, som for eksempel oppføring av bygninger, bygging av veier, hogst m.v. 

Ferdsel til fots er normalt tillatt. I noen områder er det imidlertid ferdselsforbud deler av året. Dette har vanligvis sammenheng med fuglenes hekketid eller trekktid vår og høst.